在禁海后的20年间,不断有僧人违禁上山,建寺修庙。但屡次遭到官府拆毁。直到明万历29年,普陀山山住持真宰和尚进京请求复兴普陀山,却病死在京都。神宗皇帝终于不顾朝廷重臣的劝阻,第一次动用皇家的银库修复普陀山,并派遣亲信张随,历经5年的时间渡海到普陀山监督修建工程,普陀山得到空前发展,佛事兴旺。
明末清初的政权交替之际,海上倭寇不断入侵,上山掠夺寺庙,焚毁殿塔. 康熙14年,一场大火席卷了普陀山。清朝廷以普陀“穷洋多险,易为贼巢”为由,再一次颁下禁海令。康熙28年,普陀山法雨寺住持别庵性统决心重建普陀山,并以其卓越的才华和虔诚的佛心征服了康熙皇帝,使朝廷两次拨重金重修普陀山,并御笔亲书了“天花法雨”、“法雨禅寺”的匾额和南京明故宫的“江南黄瓦”一十二万,黄金千两,赠与普陀山。由于皇权的重视,普陀山又一次达到鼎盛,形成3大寺、88禅院、128茅蓬,僧众数千的盛况。